Tanto la ganadería como la pesca fueron actividades económicas significativas en el tiempo de los incas. Llamas, alpacas, cuyes, perros y patos fueron las principales especies domésticas. Algunos historiadores señalan que la ganadería fue, después de la agricultura, la principal fuente de riqueza de los antiguos peruanos, ya que fueron dueños de millones de cabezas de camélidos sudamericanos.
La llama fue el animal más provechoso del imperio incaico, pues de ella se podía obtener comida, ropa y transporte. Se alimentaba del ichu (pasto natural) que crecía en la puna; por eso, su alimentación no representaba un problema. Además, su resistencia al frío y a lo accidentado de los caminos andinos era excelente. Las llamas cargaban unos 50 kilos de peso y podían viajar entre 15 y 20 kilómetros por día.
La caza de animales era muy limitada durante el incanato. Nadie podía cazar sin tener el permiso del inca o del curaca, porque se consideraba a los camélidos animales del dios Sol. A las vicuñas se las dejaba en libertad después de esquilarlas. Las hembras de todas las especies también eran liberadas. Los ciervos y guanacos machos eran sacrificados para hacer charqui con su carne.
En la pesca, los incas utilizaron embarcaciones hechas con palos y troncos de árboles livianos. El amarre se hacía con sogas fabricadas de plantas tropicales y se les impermeabilizaba con betún o petróleo. Se llamaban caballitos de totora.
La llamada pesca señorial de los incas se practicó en los puntos marítimos cercanos a los centros hegemónicos, incluso en el lago Titicaca.
